Em 2004 o ACIDI, então ACIME- Alto Comissariado para a Imigração e Minorias Étnicas, abre dois Centros Nacionais de Apoio ao Imigrante: um em Lisboa e outro no Porto. Estes centros nascem da constatação, em 2003, de diversas dificuldades enfrentadas pelos imigrantes no seu processo de integração. Antes de mais foi identificada uma grande complexidade apresentada na sua interacção com diferentes Serviços Públicos, situados em diversos locais, com modos de funcionamento distintos e, por vezes, com incompatibilidade de horários. Outra dificuldade sentida por uma grande parte dos imigrantes em Portugal era a da comunicação, quer pelas diferenças linguísticas, quer por diferenças culturais. Considerando o sucesso comprovado da Loja do Cidadão, foi então sentida a necessidade de congregar e fazer cooperar, dentro de um mesmo espaço e com idêntica filosofia de funcionamento, os vários Serviços que se relacionam com a imigração: Serviços de Estrangeiro e Fronteiras, Segurança Social, Autoridade para as Condições do Trabalho (na altura Inspecção Geral do Trabalho), Ministério da Saúde e Ministério da Educação.

O passo seguinte foi a criação de alguns outros serviços inovadores que correspondessem a necessidades concretas dos imigrantes, não respondidas na totalidade pelos serviços existentes (por ex: apoio ao reagrupamento familiar, apoio jurídico, apoio social ou apoio ao emprego).

O CNAI de Lisboa e do Porto são o resultado da identificação destas necessidade. Hoje, os imigrantes que se dirijam ao CNAI podem encontrar, num mesmo espaço, diferentes instituições públicas e gabinetes de apoio com o objectivo de resolverem, numa mesma visita, diversas questões relacionadas com a sua integração em Portugal.

Procurou-se e procura-se investir numa gestão de espaço que priviligie  uma estadia confortável e um fluxo funcional, no atendimento por mediadores socio-culturais, eles próprios, muita vezes, imigrantes, permitindo uma ponte cultural, linguística e afectiva com os clientes.

O projecto do CNAI foi distinguido em 2005, com o 1º lugar do Prémio Boas Práticas no Sector Público, na categoria atendimento a clientes, promovido pela Deloitte e pelo Diário Económico e foi ainda considerado exemplo de uma boa prática, no “Manual de Integração para decisores políticos e profissionais” (em Novembro de 2004), pela Direcção-Geral para a Justiça, Liberdade e Segurança da Comissão Europeia.